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Der Lehrstuhl für Molekulare Ernährungsmedizin gehört zum Else Kröner-Fresenius-Zentrum für Ernährungsmedizin (EKFZ). Darüber hinaus sind am EKFZ der Lehrstuhl für Ernährungsmedizin sowie das Fachgebiet für Pädiatrische Ernährungsmedizin als Teileinheit des Wissenschaftszentrum Weihenstephan in Freising-Weihenstephan, angegliedert. 

Des Weiteren ist Professor Klingenspor ein Mitglied des ZIEL Institute for Food & Health - Arbeitsgruppe "Stoffwechsel und Gesundheit", welche die Erforschung komplexer und fachübergreifender Fragestellungen unterstützt. Bedingt durch diese interdisziplinäre, organisatorische Struktur nimmt das ZIEL (Zentralinstitut der Technischen Universität München) eine Schnittstellenfunktion zwischen Lebensmittelwissenschaft, Ernährungsforschung und Medizin wahr.