Mikrobielle Gemeinschaften haben sich über lange Evolutionszeiträume hinweg gemeinsam mit ihren Säugetierwirten entwickelt. Schätzungen zufolge treten täglich Milliarden von Mutationen im Mikrobiom einzelner Individuen auf. Dies deutet auf das Potenzial für hochdynamische funktionelle Anpassungen des Mikrobioms hin. Theoretische Erkenntnisse legen nahe, dass sich die Mikrobiota und ihr Wirt zum gegenseitigen Nutzen gemeinsam entwickeln, doch der Zeitrahmen, in dem gegenseitige evolutionäre Anpassungen stattfinden, ist unbekannt. Bemerkenswert ist, dass sich bakterielle Linien im Darm von Säugetieren innerhalb kurzer ökologischer Zeiträume entwickeln. Zu den kurzfristigen evolutionären Veränderungen gehören die Umgehung des Immunsystems, Arzneimittelresistenz und metabolische Anpassung. Im Rahmen des von der EU finanzierten Projekts EvoGutHealth untersuchen wir die funktionelle Bedeutung der Evolution mikrobieller Gemeinschaften innerhalb des Wirts.