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Technische Universität München

Benchmark Analysis of Spatial Trajectory Inference Methods Across Tissues and Technologies

 

Allgemeine Informationen

Credits (SWS)12 (10 SWS)
ModulniveauMaster
SpracheDeutsch/English
Gesamtstunden360 h
Wöchentlicher Zeitslot2-3 Tage pro Woche, davon dienstags in Präsenz in Weihenstephan
Blockteil in vorlesungsfreier Zeit03.08 - 14.08 oder 21.09 - 02.10

Zeitablauf des Praktikums

Apr 2026Kickoff Meeting und Zuordnung der Projekte und Teams
Apr - Aug 2026Aufteilung der Projektarbeit, Zwischenpräsentationen
Aug - Oct 2026Blockteil für den Abschluss der Projektarbeit, das Verfassen des Berichts und die Vorbereitung der Abschlusspräsentation

Vorraussetzungen und Vorkenntnisse

Bachelor Bioinformatik. Gute Python Programmierkenntnisse. Interesse an der Datenvisualisierung sowie am Benchmarking bestehender Methoden.

Beschreibung

Spatial Methoden bieten neue Möglichkeiten, zelluläre Mechanismen im Kontext von Gewebe zu untersuchen. In Single-Cell-Daten ordnet die Trajektorieninferenz Zellen entlang einer Pseudozeit an, die durch Zellschicksal, Differenzierung oder andere dynamische Prozesse bestimmt wird. Für räumliche Daten erweitern mehrere Werkzeuge dieses Konzept, indem sie Gewebekoordinaten und lokale Nachbarschaftsstrukturen nutzen, um räumlich informierte Trajektorien abzuleiten. Allerdings wurden diese Ansätze bislang nicht umfassend über verschiedene Gewebetypen, experimentelle Plattformen und Ground-Truth-Szenarien hinweg benchmarked. In diesem Projekt werden Sie eine Benchmarking-Analyse für räumliche Trajektorieninferenz konzipieren und durchführen, Methoden unter unterschiedlichen Bedingungen (z. B. variierende Auflösung, Rauschen und Stichprobendichte) evaluieren und praxisnahe Empfehlungen ableiten, welche Ansätze sich für welche Gewebetypen und Technologien am besten eignen.

Referenzen:

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